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Asociación entre variabilidad genética y fenotípica con ajuste por autocorrelación espacial en Prosopis JBAG
Teich,I; Mottura,M; Verga,A; Balzarini,M.
Los estudios de asociación entre datos genéticos y fenotípicos permiten detectar interacciones relevantes. En estos análisis es necesario considerar los efectos de la estructura espacial de los datos, la cual es muy común en la naturaleza, particularmente en plantas. Prosopis chilensis y P. flexuosa son dos especies arbóreas de importancia económica y ambiental entre las cuales se produce flujo génico y se originan híbridos fértiles. Para la clasificación de estas especies se utilizan caracteres morfológicos, siendo de interés conocer y cuantificar la asociación entre la variabilidad fenotípica caracterizada mediante las variables usadas en la clasificación taxonómica, y la variabilidad genética. En este trabajo se exploran asociaciones multivariadas entre...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Estadística Espacial; Índice de Moran; Correlación Parcial de Mantel; Análisis de Correlaciones Canónicas; Análisis de procrustes generalizado.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332015000300006
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Componentes principales en mapeo asociativo JBAG
Peña Malavera,A; Gutierrez,L; Balzarini,M.
El mapeo asociativo (o mapeo por desequilibrio de ligamiento) permite encontrar lugares específicos del genoma relacionados con la variación de un carácter fenotípico. Es una práctica difundida en el mejoramiento de especies vegetales ya que no necesita la utilización de poblaciones provenientes de cruzamientos controlados. Sin embargo, se ha detectado que en poblaciones estructuradas genéticamente, el número de falsos positivos en la asociación marcador-carácter puede aumentar significativamente. El análisis de componentes principales constituye una herramienta para identificar la estructura y expresar la misma en un número reducido de componentes principales (CPs). Entonces, estos CPs se pueden incorporar como covariables en el modelo de asociación....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Modelos lineales mixtos; Análisis de componentes principales; Estructura genética.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332014000300003
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Control de falsos descubrimientos en mapeo asociativo con poblaciones estructuradas JBAG
Peña Malavera,A; Bruno,C; Balzarini,M.
Las pruebas de asociación entre marcadores moleculares y variables fenotípicas son cruciales para la identificación de QTL (Quantitative Trait Loci). Los avances biotecnológicos incrementaron la disponibilidad de marcadores genéticos y consecuentemente el número de pruebas de la asociación fenotipo-genotipo. El incremento de pruebas de significancia estadística a realizar en simultaneo (multiplicidad) demanda correcciones de los valores-p obtenidos para cada prueba de hipótesis de manera de mantener acotada las tasas de error para la familia de pruebas de asociación. Las correcciones estadísticas clásicas para el problema de multiplicidad, como Bonferroni, el método de control de la tasa de falsos descubrimientos (FDR) y el número efectivo de pruebas...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Multiplicidad; Estudios de asociación; Número efectivo de pruebas de hipótesis; Modelos lineales.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332018000100004
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Modelos estadísticos para estudios de asociación fenotipogenotipo en poblaciones genéticamente estructuradas JBAG
Peña Malavera,A; Gutierrez,L; Balzarini,M.
El mapeo asociativo (MA) es usado para encontrar regiones específicas del genoma relacionadas con la variación de un carácter fenotípico. Sin embargo, se ha detectado que en poblaciones con estructura genética poblacional (EGP), la cantidad de falsos positivos en la asociación fenotipogenotipo aumenta. El objetivo de este trabajo fue evaluar el desempeño de modelos de MA que consideran la EGP mediante distintas estrategias desarrolladas bajo la teoría de los modelos mixtos. Se evaluaron modelos de regresión fenotipo-genotipo incluyendo las siguientes matrices para modelar EGP: matriz Q (probabilidad de pertenencia de cada individuo a cada subpoblación), matriz P (componentes principales de los datos de marcadores), matriz K o de parentesco genético entre...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Modelos lineales mixtos; Estructura genética poblacional; Tasa de falsos positivos.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332016000300005
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